Trong bài viết: "Sách Đại Việt sử ký toàn thư bản Nội các quan bản không phải được khắc in từ năm 1697",[74] tác giả Bùi Thiết cho rằng:

• Việc khảo tả tác phẩm quá sơ sài, đến mức coi như không có việc làm đó.[75]
• Đã gọi là Nội các quan bản, thì phải có cơ quan gọi là nội các hoặc tương đương, nhưng không sử sách nào nói rằng triều Hậu Lê tồn tại nội các, đặc biệt là sách Lịch triều hiến chương loại chí của Phan Huy chú. Nội các là cơ quan nhà nước phải có ngày tháng hình thành, chức năng, nhiệm vụ, con dấu rõ ràng, điều này ông Phan Huy Lê không chỉ ra được.[76]
• Phản biện về việc Phan Huy Lê cho rằng đặc điểm không kiêng húy vua chúa Nguyễn, vì vậy nó được in từ năm 1697. Bùi Thiết cho rằng không nên nhấn mạnh đặc điểm này và đặc biệt là sự không trùng hợp giữa pháp lệnh kiêng húy và thực tế xảy ra trong xã hội, nhất là việc in ấn sách vở. Ngay vào thời kiêng húy khắt khe nhất, sự vi phạm cũng không thể tránh khỏi.[77]
• Phản biện về luận điểm của ông Phan Huy Lê về việc phân chia bố cục bản Nội các quan bản phù hợp trong bài tựa của Phạm Công Trứ. Bùi thiết cho rằng, Phạm Công Trứ viết bài tựa năm 1665, 32 năm sau Lê Hy mới cho in bản Đại việt sử ký toàn thư. Ý kiến này mang tính chất tầm gửi vào Nội các quan bản, một khi không đúng, lý do này vô giá trị.[78]

Cuối cùng tác giả Bùi Thiết cho rằng, kết luận rằng Đại Việt sử ký toàn thư bản Nội các quan bản được in năm 1697 là không thể chấp nhận được, cần xem xét lại. Việc làm sai sẽ làm những bản do Việt Nam quản lý, có giá trị đích thực sẽ chịu số phận hẩm hiu, thậm chí bị hủy hoại, còn bản hiện nay do Hội Á châu (Cộng hòa Pháp quản lý) lại được tôn lên vô giá.[79]